舞台是象征理性(xìng )的「青(qīng )之(zhī )世界」，然而正在遭受(shòu )由本能支配的「红之世界」的生(shēng )命(🏴)体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄(huáng )(🕖)Akira就职为青之(🏐)世界研(🕌)究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战(zhàn )斗指挥官，受命负责横跨(kuà )石垣岛和西表岛而构(gòu )成的对位相外防卫机关，通称「琉(🏂)球LAG」。在那里她遇见了在第(🍄)五战斗(🤷)单元经过(guò )激战(🕙)而全军覆灭之后，于四年(🐀)前成立的第六(liù )战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官(🈸)，率领着又称(🐨)「Scared Rider Xechs」的6名骑(qí )手（Rider），共同浴血奋(fèn )战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。